【植物资源】境内植物种类繁多，区系复杂，温带亚热带植物兼有。其中：（1）人工栽培植物主要有水稻、小麦、玉米、洋芋、红薯、油菜、烟叶、花生等；蔬菜主要有萝卜、白菜、番茄、黄瓜、苦瓜、茄子、山药、芋子、魔芋、甘蓝、姜葱蒜、芦笋、瓜类等35种；水生植物主要有莲藕、茭白、荸荠、慈菇、芡实(鸡头米)、菱角等。（2）森林资源丰富。据《南郑县林地保护与利用规划》调查结果显示：全区林业用地208820公顷，其中有林地177111.8公顷，活立木蓄积量1576.58万立方米，森林覆盖率64.86%，林木绿化率68.43%。野生植物以乔灌木、中药材、花、草为主。已知乔木55科164种，灌木29科50种，主要有油松、巴山松、马尾松、栎类、桦类、漆、杉、柏、椿等，还有油桐、油茶、油橄榄、茶叶、桑、花椒、棕榈、楠竹等亚热带树种；果类主要有核桃、板栗、柿子、石榴、猕猴桃、桃、李、杏、梨、枇杷、樱桃、柑、桔、大枣等；药用树种主要有杜仲、厚朴、樟类，竹类9种。（3）珍稀植物共17科20种，主要有苏铁、银杏、水杉、珙桐、红豆杉，秦岭冷杉、粗榧、榉树、长序榆、香连树、鹅掌楸、厚朴、水青、香樟、楠木、红豆、喜树、水曲柳、香果树、红春树。古树名木自2007年普查编号，以县政府文件命名二批共72株，现存31株，古树群8个，涉及14科14种，主要包括银杏、桂花、柏树、香樟、黄连木等，树龄在千年以上4株，其中最具影响力的为玉泉寺柏树、协税张坪侧柏。（4）药用植物661种，已开发利用169种，常用荆芥、薄荷、枳壳、玄参、元胡、白芍、附子、白术、天麻、大黄、吴茱萸、金银花、桔梗、苦参、黄连、猪苓、厚朴、杜仲、黄柏、五味子、汉中参叶、白细辛、祖师麻等200余种。（5）草地植物600多种，可利用500余种，其中有200余种可药用或兼做饲料。

【动物资源】据1998年全省野生动物资源普查：境内已发现兽类5目11科22种，鸟类12目28科81种，两栖爬行类5目8科14种。其中，属国家Ⅰ级保护动物有云豹、金雕、林麝、朱鹮(游荡)4种；Ⅱ级保护的28种，有猕猴、黑熊、大灵猫、小灵猫、鬣羚、鸳鸯、雀鹰、斑头鸺鹠、红腹角雉、斑羚、豺、金猫、黄羊、苍鹰、秃鹫、燕隼、白冠长尾雉、红腹锦鸡、普通雕鸮、长耳鸮、川陕哲罗鲑、秦岭细鳞鲑、中华虎凤蝶等；属陕西省重点保护动物有狼、猪獾、花面狸、小麂、豹猫、白鹭、画眉、秦岭腹蛇、秦巴北鲵等29种；一般保护的动物有麻雀、野兔、野猪、狐狸、黄鼠狼、竹鼠、杜鹃等51种。家畜家禽主要有猪、牛、驴、羊、兔、犬、猫、鸡、鸭、鹅、鸽、鹌鹑等。据陕西省水产研究所与陕西师范大学调查，南郑境内水生动物6目18科共116种，主要有鱼、虾、鳖、蟹、蚌、田螺等。其中，鱼类6目15科共109种；人工养殖鱼类有鲤、鲢、鳙、草、鲂、鳊、鲫、黄鳝、甲鱼等10多种。在大巴山河流中有大鲵、齐口裂腹鱼、水貂、水獭等名贵水生动物。其中，大鲵、水獭属国家Ⅱ级保护水生动物，齐口裂腹鱼、山溪鲵属陕西省Ⅱ级保护水生动物。